こじまbcdboot C:\Windows /s Y:を実行すると、「ライブラリ システム ボリュームの初期化に失敗しました。」というエラーが表示されます。
Windows 回復環境 (WinRE) で起動して、以下の手順を試してください。
ディスク0にある古いEFIパーティションを削除します。再度bcdbootコマンドを実行します。その際、OSパーティションのドライブ文字が正しいか確認してください。WinRE環境ではCドライブではない可能性があるため、diskpartのlist volumeコマンドで確認が必要です。
追記:
もしEFIパーティションをディスク0に残しても構わないのであれば、不要なブートエントリをmsconfigで削除するだけで、起動時のOS選択画面は消えます。
しかし、EFIパーティションをディスク2に移動させたい場合は、ディスク0のEFIパーティションを削除してからbcdbootコマンドを実行する必要があります。