あきやまこのような現象が発生する原因として、いくつか可能性が考えられます。
ファイルシステムの軽微な破損: chkdskで検出されないレベルの、ファイルインデックス情報（MFTなど）に軽微な破損が発生し、フォルダのパス情報が失われた可能性があります。不適切なドライブの取り外し: データ書き込み中に「ハードウェアの安全な取り外し」を行わずにUSBケーブルを抜くと、ファイルテーブルが不完全に書き込まれ、破損することがあります。隠し属性の設定: 何らかのソフトウェアの誤動作や操作ミスにより、フォルダに「隠し属性」や「システム属性」が設定され、エクスプローラーのデフォルト設定では表示されなくなることがあります。ウイルスやマルウェアの影響: 一部のマルウェアは、ファイルを隠したり、アクセスできないように属性を変更したりする挙動を示します。
TreeSizeのようなツールは、Windowsエクスプローラーとは異なる方法でドライブ構造を直接スキャンするため、このような「見えない」ファイルやフォルダを発見できることがあります。問題が解決したとのことで何よりですが、今後も重要なデータは定期的にバックアップを取ることを強くお勧めします。