私も同様の問題を抱えています。ただし、私の場合はすべてのアイコンが移動するわけではなく、デスクトップ上のファイルを名前変更した後に、50%くらいの確率でそのファイルがグリッド上の最も左上の空きスペースにジャンプするという現象です。これは頻繁に行う作業なので非常にストレスが溜まります。
私はWindows用のiCloudは使用していませんが、Microsoft OneDriveが関係しているのではないかと強く疑っています。iCloudとOneDriveはファイルを同期するという共通の機能を持っているため、その疑いはさらに強まります。
私の推測ですが、ファイル名が変更された後、OneDriveの同期活動が次のような処理を引き起こしているのかもしれません：ファイルをオンラインのOneDriveにコピーし、その後デスクトップに書き戻そうとする。しかし、デスクトップにはすでにファイルが存在するため、一度元のファイルを削除してからダウンロードしたバージョンを保存する。その一瞬、元のファイルが存在しないため、新しいファイルはデフォルトの場所（左上の空きスペース）に配置されてしまうのではないかと。OneDriveをオフにすると、この問題の発生頻度が下がる気がします。