すでに問題のOSは削除済みとのことですので、心配する必要はありません。
まず、Linuxはオープンソースで無料のOSですから、どのOSからダウンロードしたかによって違法になることはありません。公式サイトから入手しているのであれば全く問題ないです。
重要なのは、今後二度と海賊版のWindowsを使用しないことです。海賊版OSの使用は、マルウェア感染などのセキュリティリスクが非常に高く、もちろん違法行為です。将来的にMicrosoftからデバイスがブラックリストに登録されるリスクも考えられます。
現在は正規のOS（またはLinuxのようなオープンソースOS）をお使いですので、過去の使用について過度に心配する必要はないでしょう。