あいな「あいな」さんの回答に補足させていただきます。
二つのCopilotの最も大きな違いは、「統合の深さ」と「アクセスできる情報の範囲」にあります。
Skype版Copilotは、Skypeの会話という特定のコンテキスト内で動作します。会話の流れをリアルタイムで理解し、その文脈に沿った提案や要約が可能です。いわば、会話に参加している賢いメンバーの一人のような存在です。一方、単体アプリ版Copilotは、Windows OSとより深く連携しています。そのため、アプリの起動、設定の変更、PC内のファイルの検索など、OSレベルでの操作を指示できます。Webの情報とPC上の作業をシームレスに繋ぐことを目指しています。
どちらを利用するかは、目的によって使い分けるのがおすすめです。Skypeでのコミュニケーションを効率化したいならSkype版を、PC作業全般をアシストしてほしいなら単体アプリ版を選ぶと良いでしょう。