すげタスクスケジューラを開き、以下のタスクを無効にすることで、システムのパフォーマンスに良い影響があるか確認してください。
Microsoft\Windows\Application Experience\MareBackup
これ以外では、システムはクリーンです(マルウェアは存在しません)。
CPU使用率が100%に急上昇した際に、Process Monitor で2〜3分程度のトレースを実行し、「すべてのイベント」を保存した上でzip形式に圧縮したPMLログをアップロードしてください。
クリーンブートで問題の原因となっているアプリを確認しようとしましたが、再起動するたびに問題が十分に修正されてしまいます。
この部分を詳しく説明していただけますか?クリーンブート環境では問題が発生しないということでしょうか?もしそうであれば、Windows でクリーン ブートを実行する方法 の記事で説明されている「クリーンブートを実行して問題の原因を特定する方法」の手順を試しましたか?