工藤 葵梨似たような問題を経験しました。私の場合は、Cドライブの暗号化（BitLocker）を一時的に解除することで解決しました。
もしドライブが暗号化されていると、ブート構成の変更がブロックされることがあるようです。お使いのPCのBitLockerを無効にした後であれば、msconfigから不要なブートエントリを削除できるかもしれません。
注意：操作前には必ず正しいブートエントリを確認してください。私の環境ではブートエントリが3つあり、1つだけが正常に動作するものでした。そのため、不要な2つを削除することで問題を解決できました。