根岸クリーンインストールしたWindows 11環境でテストを実施しました。
テストには『デビルメイクライ5』と『Warframe』を使用し、『Warframe』ではDirectX 11とDirectX 12の両方のAPIを試しました。
結果として、お客様の環境と同様の現象が再現されました。どのゲーム、どのDirectXバージョン、フルスクリーン/ウィンドウモードのいずれの組み合わせでも、ゲーム実行中に夜間モードが自動的にオフになることはありませんでした。
この現象について調査したところ、サードパーティ製のソフトウェアf.luxが代替案として有効であることが、以下のコミュニティスレッドで報告されていました。
ゲームプレイ中に夜間モードやf.luxが使えない - Microsoft Communityフルスクリーンでゲームをプレイ中に夜間モードが使えない - Microsoft Community
f.luxには、フルスクリーンアプリケーション実行時に色調調整を無効にする機能が備わっています。