ハットリさんの回答を補足させていただきます。
プログラムのインストーラー（.exeや.msiファイルなど）は、ソフトウェアをPCにセットアップするための「道具箱」のようなものです。一度インストール作業が完了すると、プログラム本体のファイルはC:\Program Filesのような別の場所にコピーされ、そこから実行されるようになります。
そのため、インストール後に「道具箱」であるインストーラーをダウンロードフォルダから削除しても、すでに設置されたプログラムの動作には全く問題ありません。むしろ、ディスクスペースを確保するために、定期的に整理することをお勧めします。