この種の問題は、Windowsのアイコンキャッシュが破損している場合に発生することがあります。ショートカットを一つずつ再作成する以外に、以下の手順でアイコンキャッシュをリセットする方法も有効です。
1. コマンドプロンプトを管理者として実行します。
2. 以下のコマンドを順番に入力し、Enterキーで実行してください。
taskkill /F /IM explorer.execd /d %userprofile%\AppData\Local\Microsoft\Windows\Explorerattrib -h -s -r iconcache_*.dbdel iconcache_*.db /f /qstart explorer.exe
上記コマンドの実行後、PCを再起動すると、アイコンキャッシュが再構築され、デスクトップとエクスプローラーの表示の不整合が解消されることがあります。
ご参考まで。