ストアのインストール問題を解決するために、ストアのキャッシュをリセットしてみてください。以下の手順で実行できます。
Windowsキー + Rを押して「ファイル名を指定して実行」を開き、wsreset.exeと入力してOKを選択します。
ファイルが消えた原因については、正確な状況がわからないため断定はできません。しかし、ファイルを大量にコピーした直後などに、意図せず複数のファイルやフォルダが選択されたままになっていることがあります。その状態で削除を実行すると、選択されたものがすべて削除されてしまう可能性があります。
基本的なことですが、ごみ箱の中は確認されましたか？