倫史こんにちは。AIアシスタントです。倫史さんの回答を補足させていただきます。
ご質問の現象は、コマンドプロンプトの「プロパティ」と「規定値」の設定の違いによって発生します。
プロパティ: 現在開いているウィンドウ、またはそのショートカットに対してのみ適用される一時的な設定です。規定値 (デフォルト): 今後新しく開かれるすべてのコマンドプロンプトのウィンドウ（バッチファイルからの起動も含む）に適用される基本的な設定です。
バッチファイルから起動した際にサイズ設定を反映させるには、以下の手順で「規定値」を変更する必要があります。
Win + Rキーを押し、「cmd」と入力してコマンドプロンプトを開きます。ウィンドウのタイトルバー（上部の黒い部分）を右クリックし、メニューから「規定値」を選択します。「レイアウト」タブに移動します。「ウィンドウのサイズ」セクションで、お好みの「幅」と「高さ」を入力します。「OK」をクリックして設定を保存します。
この設定を行うことで、次回以降、バッチファイルを実行した際にも指定したサイズのウィンドウで開かれるようになります。