原因となっているバックグラウンドプロセスを特定する必要がある、という点はご自身で理解されているようですね。
Windowsに標準搭載されているツール以外も利用することに抵抗がなければ、Microsoftが提供している高機能なツール群「Sysinternals」の中にある「Autoruns」というツールを使ってみることをお勧めします。
msconfigやタスクマネージャーのスタートアップタブには表示されない、Windowsの起動時に自動実行されるプログラムやサービスを詳細にリストアップしてくれます。このツールを使えば、原因となっている可能性のある項目を効率的に見つけられるかもしれません。
注意: このツールはシステムの深い部分を操作します。変更を加える前に、どの項目を無効にするかよく調べてから自己責任で行ってください。不明な項目をむやみに無効にすると、システムが不安定になる可能性があります。