Windowsの標準機能では、仮想デスクトップごとにアイコンを独立させて管理することはできません。しかし、この目的を達成するためのサードパーティ製ツールが存在します。
Stardock Fencesのようなツールは、デスクトップアイコンの整理に特化しており、ルールに基づいてアイコンを自動でグループ化（フェンスを作成）できます。これにより、散らかったデスクトップを視覚的に整理する助けになります。- より高度な仮想デスクトップ機能を求める場合、かつて
Dexpotのようなツールがありましたが、Windows 11への完全対応は開発状況を確認する必要があります。
これらの外部ツールを検討してみるのも一つの解決策かもしれません。