この問題は、ユーザープロファイルの破損、特に通知設定を管理するレジストリ部分が壊れてしまった場合に発生することが多いです。
質問者様が実行された「新しいユーザーアカウントから正常なレジストリキーをエクスポートし、問題のあるアカウントにインポートする」という方法は、このような状況において非常に有効な解決策です。
なぜなら、新しいアカウントを作成すると、各種設定のレジストリキーが初期状態でクリーンに生成されるため、その「正常な設計図」をコピーして破損した部分を上書き修復できるからです。
別の方法として、Chromeをアンインストールし、関連するフォルダ(%LOCALAPPDATA%\Google\Chromeなど)やレジストリ内の残骸を完全に手動で削除してから再インストールする方法も考えられますが、レジストリキーを直接移植する方が、より安全かつ確実な場合があります。