いまの なおとご報告：成功しました！
bcdbootコマンドを実行し、Cドライブをアクティブとしてマークした後、セカンダリディスクを取り外して起動したところ、無事にWindowsが起動しました。
的確なアドバイスをくださった皆様、本当にありがとうございました。
ちなみに、ブートマネージャーをCドライブに含めるのではなく、独立した「システムで予約済み」パーティションに置くことのメリットは何でしょうか？調べたところ、以下のような利点があるようです。
ブートローダーが破損した際の回復が容易になる。システム全体に影響を与えずにカーネルをアップグレードできる。ブートパーティションを非暗号化のままにし、システム全体を暗号化する構成（ディスク暗号化）に役立つ。ファイルシステムが満杯になることによる起動不能のリスクを、ブートパーティションを分離することで回避できる。ブートパーティションを読み取り専用でマウントし、セキュリティを向上させることができる。