皆さんの回答を補足します。
結論から言うと、%temp%とC:\Windows\Tempの両方のフォルダを空にしても、パスワードやブックマークが失われることはなく、安全です。それぞれの役割は以下の通りです。
%temp%: 現在ログインしているユーザー用の一次フォルダです。アプリケーションが作業中に一時的に作成するファイルが保存されます。C:\Windows\Temp: Windowsシステム全体が使用する一時フォルダです。OSのアップデートやソフトウェアのインストール時に使用されます。
パフォーマンスへの影響について：
一時ファイルを削除することで、ディスクの空き容量は増えます。容量が極端に逼迫している場合（空き容量が数GB未満など）はパフォーマンスの改善が見込めますが、十分な空き容量がある場合は、体感できるほどの速度向上はあまり期待できません。
推奨される方法：
手動で削除するよりも、Windowsに搭載されている
「ストレージセンサー」機能を利用するのがおすすめです。設定から有効にすることで、不要になった一時ファイルなどを自動的にクリーンアップしてくれます。
設定 > システム > ストレージ から構成できます。