いくつかの原因が考えられます。以下の点を確認してみてください。
1. 管理ポリシーの確認:企業や組織のPCでは、管理ポリシーによってchrome://flagsの変更が禁止されている場合があります。アドレスバーにchrome://policyと入力し、何かポリシーが設定されていないか確認してください。
2. 新しいChromeプロファイルの作成:現在のChromeプロファイルが破損している可能性も考えられます。設定から新しいプロファイルを追加し、そちらでchrome://flagsの変更が保存されるか試してみてください。問題が解決した場合、プロファイルの破損が原因である可能性が高いです。